Obwohl die Boiotro selbst erst im Jahr 1981 gegründet wurde, lassen sich die Ursprünge auf die wir uns berufen bis zu einem weit früheren Zeitpunkt zurückverfolgen.
Bereits im Jahr 1853 fand sich in Berlin eine Gruppe katholischer Akademiker zusammen, die einerseits den Wunsch hatten sich zu organisieren um der damals in Preussen üblichen Diskriminierung katholischer Studenten nicht wehrlos gegenüberzustehen, sich aber andererseits mit den damals bei Studentenbünden üblichen Bräuchen nicht abfinden wollten. Besonders das Farbentragen (das Tragen von Bändern und Mützen in Verbindungsfarben), die Mensuren (Fechtduelle zwischen Studenten) und die Beschränkung der Mitgliedschaft nur auf deutsche Studenten lehnten sie ab. Statt dessen gründeten sie eine völlig neue Art von Studentenvereinigung, den "Katholischen Leseverein Berlin" (später umbenannt in "Katholischer Studentenverein Askania-Burgundia"), in dem sich diese Dinge nicht mehr wiederfanden.
In der folgenden Zeit wurden nach diesem Vorbild an vielen Universitäten ähnliche Vereine und Verbindungen gegründet, die sich als Gegenbewegung zu den Burschenschaften und Corps verstanden und 1866 in einem Kartellverband (KV) zusammenschlossen. Heute gehören ihm ca. 100 solcher Vereine und Verbindungen an, von Fribourg (Schweiz) bis Wien, von Hamburg bis Kaunas (Litauen). Als Prinzipien des KV wurden Religion, Wissenschaft und Freundschaft gewählt, Farbentragen, Mensur und Nationalismus wurden abgelehnt.
Die Geschichte der Boiotro beginnt im Jahr 1891 in Regensburg. In diesem Jahr wurde von Studenten der dortigen Universität der "Akademische Studentenverein Albertina" (benannt nach Albertus Magnus) gegründet, der sich ein Jahr später in "Katholischer Studentenverein Albertia" umbenannte und 1894 in den KV eintrat. Wegen Schwierigkeiten mit den Universitätsbehörden wurde die Albertia 1902 in eine Verbindung umgewandelt und nach München verlegt, wo sie noch heute ansässig ist. Die in Regensburg verbliebenen Alberten bildeten zuerst eine "Außenstelle" ihrer Mutterverbindung, spalteten sich dann 1908 ab und gründeten die "Katholische Studentenverbindung Agilolfia" (Agilolf - bairischer Herzog im Mittelalter), die dort ebenfalls bis heute existiert. 1922 trat die Agilolfia in den KV ein.
Nachdem 1978 die Universität Passau gegründet wurde, beschloss die Agilolfia zusammen mit in Passau ansässigen alten KVern die Gründung einer Tochterverbindung an dieser Hochschule. Im Wintersemester 1981/82 wechselten einige Agilolfen nach Passau und gründeten hier die "Katholische Studentenverbindung Boiotro" (benannt nach einer römischen Ruine im Stadtgebiet). Ein Jahr später trat die Boiotro in den KV ein und bezog das Haus in der Steiningergasse 2, unmittelbar neben dem Rathausplatz und direkt an der Donau, gegenüber der Festung Oberhaus.
Obwohl die Boiotro aufgrund dieser Lage wiederholt das Opfer von Hochwassern wurde, hat sie seitdem immer wieder Studenten von sich überzeugen können und blickt mittlerweile auf eine über zwanzigjährige Geschichte zurück.
Wir sind uns der Tradition bewusst in der wir stehen, daher versuchen wir die Ideale des KV weiterhin an dieser Universität zu verwirklichen.