Das "Haus" der Boiotro befindet sich an der Ecke Steiningergasse (Hausnummer 2) und Fritz-Schäffer-Promenade, direkt an der Donau in der Nähe des Rathausplatzes. Wir sind zwar eine junge Verbindung (und stolz darauf) aber unser Verbindungshaus dürfte eines der ältesten in Deutschland sein.

Da sich im 10. Jahrhundert zwischen Dom und Donau ein Judenghetto befand (die Steiningergasse hieß damals Judengasse) kann davon ausgegangen werden, dass sich auf dem heutigen Boiotro-Grundstück jüdische Wohn- oder Geschäftshäuser befanden. Aufgrund der Zerstörung des Ghettos während der Kreuzzüge kann diese Zeit jedoch nicht mehr rekonstruiert werden.

Nach der Umsiedlung der Juden in die Ilzstadt wurde das Gebiet neu bebaut. Die ältesten Informationen über das Gebäude in dem die K.St.V. Boiotro gegenwärtig residiert stammen aber erst aus dem 12. Jahrhundert. In dieser Zeit wurden auf dem Grundstück zwei gotische Giebelhäuser gebaut, deren Verwendung heute allerdings nicht mehr bekannt ist.

1554 wurden diese Häuser vom damaligen Fürstbischof Wolfgang I. erworben und durch Umbauten zu einem verbunden. In diesem Gebäude wurden Gewerberäume für die in Gilde der Landmetzger (der Schlachter und Fleischer aus den Dörfern in der Umgebung) eingerichtet. Der Bischof bezweckte damit, das Monopol der Stadtmetzgergilde zu brechen, die bis dahin die Lebensmittelpreise der Stadt kontrolliert hatten. Aus dieser Zeit stammt der Name des Gebäudes.

In den großen Stadtbränden von 1662 und 1680 brannte das Gebäude zweimal ab, dazu kamen wiederholte Flutkatastrophen, so dass es langsam verfiel.

In der Folgezeit wurde es vor allem als Lagerraum genutzt, in den großen Verkaufssälen im hinteren Erdgeschoss wurden Zwischenmauern eingezogen. In den oberen Stockwerken wurden Wohnungen eingerichtet, zeitweise dienten sie als Waisenhaus.